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Fiji für wissenschaftliche Bildverarbeitung und -analyse

Seminar - GFU Cyrus AG

Am Ende des Seminars sind die Teilnehmenden in der Lage, Fiji effektiv zu installieren, zu konfigurieren und zu nutzen. Sie lernen, wie sie grundlegende und fortgeschrittene Bildverarbeitungs- und Analysetechniken anwenden können, um ihre wissenschaftlichen Forschungsprojekte zu unterstützen.
Termin Ort Preis*
firmenintern auf Anfrage auf Anfrage
*Alle Preise verstehen sich inkl. MwSt.

Detaillierte Informationen zum Seminar

Inhalte:
  • Einführung in Fiji
    • Überblick und Funktionen: Erklärung, was Fiji ist, seine Hauptmerkmale und die Vorteile der Nutzung für die wissenschaftliche Bildverarbeitung und -analyse.
    • Anwendungsbereiche: Diskussion der typischen Anwendungsfälle von Fiji, einschließlich biomedizinischer Forschung, Materialwissenschaften und Mikroskopie.

  • Systemanforderungen und Installation
    • Hardware- und Software-Anforderungen: Übersicht über die benötigten Systemressourcen und Softwarevoraussetzungen zur Installation von Fiji.
    • Installation: Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Installation von Fiji auf verschiedenen Plattformen (Windows, macOS, Linux).
    • Erste Konfiguration: Grundlegende Einrichtung und Konfiguration von Fiji, einschließlich der Installation von Plugins und Bibliotheken.

  • Überblick über die Benutzeroberfläche und grundlegende Werkzeuge
    • Navigieren durch die Benutzeroberfläche: Einführung in die Hauptbereiche der Fiji-Benutzeroberfläche und die wichtigsten Werkzeuge.
    • Grundlegende Bildverarbeitungsoperationen: Anwendung grundlegender Bildverarbeitungsoperationen wie Zuschneiden, Skalieren und Filterung.

  • Bildanalyse mit Fiji
    • Mess- und Analysewerkzeuge: Nutzung der Mess- und Analysewerkzeuge von Fiji zur Quantifizierung von Bilddaten.
    • ROI-Manager: Einführung in den ROI-Manager zur Verwaltung von Regionen von Interesse (ROI) und zur Durchführung von Analysen.

  • Makroprogrammierung in Fiji
    • Einführung in die Makroprogrammierung: Erstellung und Ausführung von Makros zur Automatisierung wiederkehrender Aufgaben in Fiji.
    • Entwicklung eines einfachen Makros: Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Entwicklung und Ausführung eines einfachen Makros zur Bildverarbeitung.

  • Erweiterte Bildverarbeitungstechniken
    • Bildregistrierung: Techniken zur Bildregistrierung und -ausrichtung, um mehrere Bilder in Einklang zu bringen.
    • Bildsegmentierung: Anwendung von Segmentierungstechniken zur Trennung von Objekten und Hintergrund in Bildern.

  • 3D-Bildverarbeitung
    • 3D-Bildstapel: Einführung in die Verarbeitung und Analyse von 3D-Bildstapeln und volumetrischen Daten.
    • 3D-Visualisierung: Nutzung von 3D-Visualisierungstools zur Darstellung und Analyse dreidimensionaler Bilddaten.

  • Zeitreihenanalyse
    • Verarbeitung von Zeitreihendaten: Techniken zur Analyse und Visualisierung von Zeitreihenbildern.
    • Kinetische Analyse: Anwendung kinetischer Analysewerkzeuge zur Untersuchung dynamischer Prozesse in Bilddaten.

  • Erweiterte Makroprogrammierung und Skripterstellung
    • Erstellung komplexer Makros: Entwicklung komplexer Makros zur Durchführung fortgeschrittener Bildverarbeitungs- und Analyseaufgaben.
    • Skripterstellung mit Python und Java: Einführung in die Skripterstellung mit Python und Java zur Erweiterung der Funktionalität von Fiji.

  • Fallstudien und praktische Anwendungen
    • Fallstudie 1: Zellzählung und Analyse: Implementierung einer Pipeline zur automatisierten Zellzählung und -analyse.
    • Fallstudie 2: Materialanalyse: Entwicklung einer Anwendung zur Analyse von Materialproben und Mikrostrukturen.

Zielgruppe:
Dieses Seminar richtet sich an Wissenschaftler, Forscher, Biologen, Materialwissenschaftler und IT-Profis, die Fiji zur Verbesserung ihrer Bildverarbeitungs- und Analyseprozesse nutzen möchten. Grundlegende Kenntnisse in Bildverarbeitung und Programmierung sind hilfreich, aber nicht zwingend erforderlich.
Seminarkennung:
S3967
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